话说在纽约市的下水道之中，居住着四只功夫高强的忍者神龟，他们夜间出动，除暴安良，成为了城市英雄。不过，英雄传说如今只是街头小料，在几经周折打败了老对手--大恶魔施莱德之后，亲如一家的忍者神龟们却渐渐疏远，就差没四分五裂了。与此同时，神秘的黑暗力量在似乎又开始在纽约城蔓延，神龟们的忍者老师鼠先生，越来越为此担忧。
原来，亿万富翁、高科技巨子马克斯·温特斯，试图抓住3000年一次的行星异动，召集一支远古魔兽军团，妄图称霸世界！而神龟的宿敌--纽约大脚忍者帮派，也加入了温特斯旗下，为虎作伥。这支最终形态的精英忍者们，本就隶属施莱德掌控，如今在施莱德义女凯利的领导下，更是组织严明。
事到如今，只有一支超级忍者战斗队能阻止邪恶势力，拯救地球！超级忍者鼠老师和唯一留在下水道大本营的莱昂纳多，必须重新齐集神龟伙伴--米开朗基罗、多纳泰罗和拉斐尔，在老朋友艾普莉尔·奥尼尔和凯西·琼斯的相助下，上天入地，再显神龟英雄本色！